Desde Microsoft:
Gracias a que hicieron unos msi, el proceso es realmente simple.
1 - Descargar node: NodeJs
2 - Luego desde la consola "cmd", de win, hacer: npm install -g topojson
3 - Desde la línea de comando:
topojson -o provincias.topojson provincias.geojson
tomado de: Wiki TopoJson
Y listo para usar con D3.
Desde linux:
pacman -S nodejs
¡El resto es igual!
PD: acá está el resultado luego de largo trabajo con Js, mapa Argentina