Utilizando cygwin al ejecutar un script de bash, con sintaxis correcta, arrojaba la siguiente salida:
línea 3: error sintáctico cerca del elemento inesperado `$'\r''
esto es por los caracteres de más que agrega Güin2 por el salto de línea, entonces cuando es recibido por los ejecutables de cygwin, lo toma como un error ya que sólo este caracter se encuentra en archivos modificados en Güin2.
La Solución:
d2u Archivo.sh
y listo, archivo listo para ejecutar!
PD: ¡la imagen es una de mis favoritas!, Si ves doctor who entiendes :P le quedó lindo. sacada de google.